回国后，黄令仪继续研究集成电路，从建立版图库，到探究寄生参数对性能的影响，一切重新开始。这一时期，由她主导研究的两个项目获得了国家专利。

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　　根据《中国科学院高能物理研究所2022年部门预算》，2022年初，高能所支出总计25.7亿元，其中基本支出4.38亿元，占17.04%；项目支出21.04亿元，占81.80%，也就是说，整个研究所的运营和科研经费中超过80%来自竞争性项目。在理论物理所，2022年的预算也显示，项目支出占比接近70%。/p>