2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

　　对于该项目的设立，基金委原主任杨卫解释，除以竞争性支持为主外，对科学研究需要考虑稳定支持的模式。因此，借鉴发达国家经验，基金委启动基础科学中心项目，计划围绕一个重要的科学研究方向，对跨学科的大型科研群体进行约10年的稳定支持，每年资助研究经费超过3000万元，以期待在我国基础研究地貌图上隆起学术上的“世界高地”。

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