在省级层面，福建疾控改革走在全国前列。2021年5月24日，福建省发布了《关于进一步深化医药卫生体制改革的意见》，明确了将依托同级卫健部门设置市、县级疾病预防控制局，福建也成为国家疾病预防控制局成立后，率先公布省、市、县疾控局组建总体框架的省份。2021年8月，福建省疾病预防控制局（筹）在福州揭牌，为全国首个挂牌的省疾控局。

　　根据国家疾控局三定方案，其主要职责分为十大项，包括组织拟订传染病预防控制及公共卫生监督的法律法规草案、政策、规划、标准，负责疾病预防控制网络和工作体系建设；规划指导传染病疫情监测预警体系建设，组织开展疫情监测、风险评估工作并发布疫情信息，建立健全跨部门、跨区域的疫情信息通报和共享机制；以及负责传染病疫情应对相关工作，组织开展流行病学调查、检验检测、应急处置等工作，拟订应急预案并组织开展演练，指导疾病预防控制系统应急体系和能力建设，负责应急队伍、志愿者队伍建设，提出传染病疫情应对应急物资需求及分配意见。

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