2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

　　庄辞对《中国新闻周刊》说，因此，理论物理所90%以上引进的人才都有“人才帽子”，比如“优青”“杰青”或“百人”“千人”，这些都是分属基金委、中科院、中组部的人才项目，3~5年内会“自带”几百万元的经费。如果没有这些“匹配经费”，仅靠研究所自身，很难让科研人员组建研究团队和维持相对体面的薪资水平。即使如此，目前理论物理所的现状仍是：很多科研人员根本招不起博后，项目经费较充裕的人一年可能也仅能负担一名博后的费用。

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