2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

　　王贻芳建议，可以先选取几家中央直属基础研究科研单位进行试点，依照其过去获得的竞争经费，按大约10%比例增加额外的稳定支持经费，“既能维持现有体系大体不变，也可以部分克服过度竞争的弊端，这种差异化的支持方式将带来新的效益。”他解释。庄辞也认为，改革应从小切口开始，逐步推广。她认为，科技部正在部署的基础学科研究中心是一个很好的“切口”。

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