基础研究当下的根本困境，实质上指向经费分配结构问题。专家指出，基础研究的典型特点是基础性、长期性和难以预测性。对需要“十年磨一剑”的基础研究而言，这种以竞争性项目为中心的支持模式会造成科研人员浮躁之风盛行，功利主义导向，在选题上更看重能否在短期内出成果，使得基础研究有限的经费并没有流向真正重要的原创性研究上，经费投入产出效益不高。“这样的模式并不十分适合基础科学研究，科研人员要耐得住寂寞，沉下心来持之以恒地探索。”庄辞说。

　　在庄辞看来，基础学科研究中心的定位要足够高，可以依托具有良好基础的研究院所或高校去建设，政府给予足够丰裕的稳定支持经费，一种理想的运行模式是参照日本“世界顶级国际研究中心（WPI）”计划。

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