日本在常规机构式资助外，创设了一种颇具“竞争性”的特殊稳定支持模式。2007年起，日本开始为一些经严格筛选的基础研究顶级机构提供10~15年的长期稳定资助，每个机构每年约有5亿~20亿日元的政府专项拨款。入选WPI的中心每5年要进行一次严格评估，根据结果确定是否继续支持，评估标准很高，比如未来10年能否取得世界顶级的成果，能否聚集7名以上世界顶级专家，课题负责人中的外籍科学家是否达到20%等。

　　基础研究当下的根本困境，实质上指向经费分配结构问题。专家指出，基础研究的典型特点是基础性、长期性和难以预测性。对需要“十年磨一剑”的基础研究而言，这种以竞争性项目为中心的支持模式会造成科研人员浮躁之风盛行，功利主义导向，在选题上更看重能否在短期内出成果，使得基础研究有限的经费并没有流向真正重要的原创性研究上，经费投入产出效益不高。“这样的模式并不十分适合基础科学研究，科研人员要耐得住寂寞，沉下心来持之以恒地探索。”庄辞说。

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